Zymo Research libera pipeline de bioinformática de fonte aberta para detecção de variantes do SARS-CoV-2 em águas residuais

O lançamento antecipado do pipeline de bioinformática VirSieve™ promoverá a colaboração em pesquisa ambiental do SARS-CoV-2

IRVINE, Califórnia, 11 de maio de 2021 /PRNewswire/ -- A Zymo Research liberou o código-fonte do pipeline de bioinformática VirSieve para a comunidade de microbiologia ambiental a fim de promover a colaboração e o apoio globais à detecção de variantes do SARS-CoV-2 em águas residuais. O VirSieve é um pipeline computacional automatizado que analisa as leituras de sequenciamento do vírus SARS-CoV-2 em amostras de águas residuais para entender melhor as variantes virais presentes em comunidades monitoradas. Ao classificar o intervalo de confiança nas mutações virais observadas, o software tem o potencial de aumentar significativamente a precisão da análise de quaisquer alterações no material genético viral.

De acordo com os centros de controle e prevenção de doenças, embora a implementação de vacinas tenha tido um enorme impacto positivo no controle da pandemia de SARS-CoV-2 nos EUA, novas cepas virais ainda estão surgindo. Algumas dessas cepas como, por exemplo, a B.1.1.7, são classificadas como "variantes preocupantes" devido a evidências de aumento da propagação, patogenicidade ou evasão da vacina. O sequenciamento de águas residuais de última geração está surgindo como a solução mais viável para monitoramento quase em tempo real das comunidades.

O sequenciamento viral de águas residuais é difícil devido à fragmentação e degradação do RNA viral, muitas vezes resultando em erros de sequenciamento que, em última análise, se manifestam como mutações falsas. O VirSieve pode identificar essas variantes falsas e marcá-las como sendo de baixa ou nenhuma confiança, permitindo aos pesquisadores filtrar mutações com um grau mais alto de apoio. A Zymo Research também oferece o DNA/RNA Shield, um reagente que protege o RNA viral contra mais degradação após a inativação de qualquer vírus para uma coleta segura em temperatura ambiente e transporte de amostras de águas residuais.

"A Zymo Research desenvolveu anteriormente ferramentas de software públicas como o Zymo Research Transmit Program, um cliente de fonte aberta para envio de resultados de testes da COVID-19 por meio do sistema de relatórios de saúde pública CalREDIE", disse o Dr. Michael Weinstein, diretor de sistemas de informática laboratorial e líder de projeto no projeto VirSieve Pipeline da Zymo Research. "O VirSieve faz parte do esforço contínuo da Zymo Research de oferecer suporte máximo aos esforços de resposta à pandemia em todo o mundo. Acreditamos que o VirSieve tem o potencial de ser utilizado não apenas para rastrear cepas variantes do vírus SARS-CoV-2 em águas residuais, mas também outros vírus para esforços futuros em saúde pública."

"Obter variantes precisas de amostras clínicas ou de esgoto é fundamental para a colocação adequada de uma cepa viral no contexto de todas as outras variantes virais e informar os esforços de rastreamento de patógenos", disse o Dr. Christopher Mason, que é palestrante pago da Zymo Research, codiretor do WorldQuant Institute for Quantitative Prediction e professor de fisiologia e biofísica da Weill Cornell Medicine.

Para mais informações sobre o VirSieve Pipeline, acesse o site da Zymo Research ou entre em contato pelo e-mail tech@zymoresearch.com.

Informações sobre a Zymo Research Corp.

A Zymo Research é uma empresa de capital fechado que, desde 1994, atende à comunidade científica e de diagnósticos com ferramentas de biologia molecular de última geração. "A beleza da ciência é simplificar as coisas" é o lema da empresa, que se reflete em todos os seus produtos, desde epigenética até tecnologias de purificação de DNA/RNA. Historicamente reconhecida como líder em epigenética, a Zymo Research está rompendo fronteiras com novas soluções para coleta de amostras, medições de microbiomas, dispositivos de diagnóstico e tecnologias de NGS que são de alta qualidade e simples de usar. Siga a Zymo Research no Facebook, LinkedIn, Twitter e Instagram.

Para obter mais informações sobre os produtos da Zymo Research para covid-19, acesse os links a seguir:

 

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Logotipo - https://mma.prnewswire.com/media/364743/Zymo_Research_Corp_Logo.jpg

 

FONTE Zymo Research Corp.

O lançamento antecipado do pipeline de bioinformática VirSieve™ promoverá a colaboração em pesquisa ambiental do SARS-CoV-2

IRVINE, Califórnia, 11 de maio de 2021 /PRNewswire/ -- A Zymo Research liberou o código-fonte do pipeline de bioinformática VirSieve para a comunidade de microbiologia ambiental a fim de promover a colaboração e o apoio globais à detecção de variantes do SARS-CoV-2 em águas residuais. O VirSieve é um pipeline computacional automatizado que analisa as leituras de sequenciamento do vírus SARS-CoV-2 em amostras de águas residuais para entender melhor as variantes virais presentes em comunidades monitoradas. Ao classificar o intervalo de confiança nas mutações virais observadas, o software tem o potencial de aumentar significativamente a precisão da análise de quaisquer alterações no material genético viral.

De acordo com os centros de controle e prevenção de doenças, embora a implementação de vacinas tenha tido um enorme impacto positivo no controle da pandemia de SARS-CoV-2 nos EUA, novas cepas virais ainda estão surgindo. Algumas dessas cepas como, por exemplo, a B.1.1.7, são classificadas como "variantes preocupantes" devido a evidências de aumento da propagação, patogenicidade ou evasão da vacina. O sequenciamento de águas residuais de última geração está surgindo como a solução mais viável para monitoramento quase em tempo real das comunidades.

O sequenciamento viral de águas residuais é difícil devido à fragmentação e degradação do RNA viral, muitas vezes resultando em erros de sequenciamento que, em última análise, se manifestam como mutações falsas. O VirSieve pode identificar essas variantes falsas e marcá-las como sendo de baixa ou nenhuma confiança, permitindo aos pesquisadores filtrar mutações com um grau mais alto de apoio. A Zymo Research também oferece o DNA/RNA Shield, um reagente que protege o RNA viral contra mais degradação após a inativação de qualquer vírus para uma coleta segura em temperatura ambiente e transporte de amostras de águas residuais.

"A Zymo Research desenvolveu anteriormente ferramentas de software públicas como o Zymo Research Transmit Program, um cliente de fonte aberta para envio de resultados de testes da COVID-19 por meio do sistema de relatórios de saúde pública CalREDIE", disse o Dr. Michael Weinstein, diretor de sistemas de informática laboratorial e líder de projeto no projeto VirSieve Pipeline da Zymo Research. "O VirSieve faz parte do esforço contínuo da Zymo Research de oferecer suporte máximo aos esforços de resposta à pandemia em todo o mundo. Acreditamos que o VirSieve tem o potencial de ser utilizado não apenas para rastrear cepas variantes do vírus SARS-CoV-2 em águas residuais, mas também outros vírus para esforços futuros em saúde pública."

"Obter variantes precisas de amostras clínicas ou de esgoto é fundamental para a colocação adequada de uma cepa viral no contexto de todas as outras variantes virais e informar os esforços de rastreamento de patógenos", disse o Dr. Christopher Mason, que é palestrante pago da Zymo Research, codiretor do WorldQuant Institute for Quantitative Prediction e professor de fisiologia e biofísica da Weill Cornell Medicine.

Para mais informações sobre o VirSieve Pipeline, acesse o site da Zymo Research ou entre em contato pelo e-mail tech@zymoresearch.com.

Informações sobre a Zymo Research Corp.

A Zymo Research é uma empresa de capital fechado que, desde 1994, atende à comunidade científica e de diagnósticos com ferramentas de biologia molecular de última geração. "A beleza da ciência é simplificar as coisas" é o lema da empresa, que se reflete em todos os seus produtos, desde epigenética até tecnologias de purificação de DNA/RNA. Historicamente reconhecida como líder em epigenética, a Zymo Research está rompendo fronteiras com novas soluções para coleta de amostras, medições de microbiomas, dispositivos de diagnóstico e tecnologias de NGS que são de alta qualidade e simples de usar. Siga a Zymo Research no Facebook, LinkedIn, Twitter e Instagram.

Para obter mais informações sobre os produtos da Zymo Research para covid-19, acesse os links a seguir:

 

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FONTE Zymo Research Corp.

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